研究中心以管理东亚-澳大利西亚迁飞区（EAAF）迁飞生态的相关科学研究与科技服务为主要任务，力争建设成为体系完整、特色突出、成果显著的国际领先的示范性科研机构，在鸟类迁徙生态学、湿地生态学、生物多样性保护与生态系统服务等研究领域取得高水平的科技成果，形成具有重要影响力的国际学术创新与交流平台，并成为全球生物多样性保护网络体系的重要智库。研究中心将建设运营EAAF信息平台，包括水鸟、栖息地、卫星跟踪数据库等。将新技术、方法和理念引入鸟类同步监测与保护实践。与迁飞区科研院校、机构紧密合作，积极开展大尺度、高水平的科学研究，探索迁徙候鸟生物多样性演变的趋势与规律，创新保护理论、技术与措施，发表顶尖科研论文，获得高影响力的科研成果。通过迁飞生态学、栖息地保护与恢复、监测与跟踪以及多边合作保护机制等四个研究方向，积极引进海外智力资源，完善团队建设。组织开展外国专家系列讲座、科研培训、联合调查及其他学术交流，开阔学生的国际学术视野，提高创新素质及综合能力。