环境科学与工程学院拥有环境科学与工程一级学科硕士学位授权点（代码083000，Environmental Science and Engineering），每年招收环境科学与工程学术型硕士研究生35名左右，毕业授予工学硕士学位；拥有环境工程领域专业硕士学位授权点（代码085229，The Field of Environmental Engineering），每年招收全日制环境工程专业学位硕士研究生60名左右，毕业授予工程硕士学位。

生态环境工程学位授权点培养德智体美劳全面发展，热爱环境事业，掌握本学科坚实宽广的生态环境工程理论基础和系统深入的专门知识，具备良好的批判思维、创新能力和实践能力，具有较强的解决和探索生态环境污染控制问题的能力，能够独立地、创造性地从事生态环境工程领域的科学研究、教学、环境管理工作，具有良好国际视野的高层次研究型人才。

环境科学与工程硕士学位授权点主要培养环境科学与工程领域学术型人才。学位获得者应具有扎实的环境科学与工程基础理论知识，了解国内外环境科学与工程领域的最新研究进展和发展方向，掌握环境科学与污染控制工程、生态环境修复工程的基本实验技能和研究方法，能够从事环境科学与工程领域的基础与应用基础研究工作，并能够承担环境污染控制、污染生态环境修复、废物资源化利用、环境功能材料研发等工作，所培养的学生应具有较高的综合素质和较强的创新能力，能够较熟练地使用一门外国语。

生态环境工程学位授权点和环境科学与工程硕士学位授权点致力于解决复杂生态环境问题的科学研究和高素质专业人才的培养，已形成具有鲜明特色和优势的4个研究方向：水环境污染控制与生态修复、环境功能材料研发与应用、废弃物资源化利用与土壤修复、新兴污染物生态环境行为与控制。

环境工程领域专业硕士学位授权点培养具有环境工程领域较好的基础理论和宽广的专业知识，了解国内外环境工程学科的发展与动向，熟悉环境污染控制工程和生态环境修复工程的基本技能与研究方法，掌握解决环境工程领域实际问题的先进技术与方法，具有创新意识，能够从事环境污染控制和生态环境修复技术研发、工程设计、运行和管理等方面工作的高层次应用型人才。

环境工程领域专业硕士学位授权点设有5个学科方向：水污染控制与生态修复、农林废弃物处置与资源化利用、土壤污染控制与修复、大气污染解析与控制、生态环境规划与管理。

2016-2019年，学院共培养出硕士222名（其中51人继续攻读博士学位），80%以上研究生参与了省部级及以上科研项目，硕士、博士共发表SCI论文243篇。江南的注册网址校长奖学金自设立以来共评选了六届，学院有2名硕士获此荣誉。学院研究生就业率保持在96%以上，为国家建设和环境保护事业输送了一批专业人才。