环境科学与工程学院以培养生态环境保护领域的专门人才为己任，拥有生态学一级学科下自主设立的二级博士学科生态环境工程学位授权点（代码0713Z5，Ecological Environment Engineering），每年招收博士研究生18人左右，毕业授予生态学理学博士学位。

生态环境工程学位授权点培养德智体美劳全面发展，热爱环境事业，掌握本学科坚实宽广的生态环境工程理论基础和系统深入的专门知识，具备良好的批判思维、创新能力和实践能力，具有较强的解决和探索生态环境污染控制问题的能力，能够独立地、创造性地从事生态环境工程领域的科学研究、教学、环境管理工作，具有良好国际视野的高层次研究型人才。

环境科学与工程硕士学位授权点主要培养环境科学与工程领域学术型人才。学位获得者应具有扎实的环境科学与工程基础理论知识，了解国内外环境科学与工程领域的最新研究进展和发展方向，掌握环境科学与污染控制工程、生态环境修复工程的基本实验技能和研究方法，能够从事环境科学与工程领域的基础与应用基础研究工作，并能够承担环境污染控制、污染生态环境修复、废物资源化利用、环境功能材料研发等工作，所培养的学生应具有较高的综合素质和较强的创新能力，能够较熟练地使用一门外国语。

2016-2019年，学院共培养出博士26名，80%以上研究生参与了省部级及以上科研项目，博士、硕士发表SCI论文243篇。江南的注册网址校长奖学金自设立以来共评选了六届，学院有8名博士获此荣誉。