工程中心面向全市开放，在管理上实行绩效考核激励机制，以不断提高建设效益和研究水平。工程中心实行项目合同制和人员聘用制，并建立相应的奖励和惩罚机制。运行机制定位如下：

（1）准入/退出机制：工程中心实行开放式的人才流动机制，采用固定编制与流动编制相结合的原则，建立单位及研究人员准入/退出的核准和评估体系，充分保障工程中心各方利益。树立以人为本的理念，出台激励措施，创造尊重人才、信任与使用人才、吸引与培养人才的良好环境。同时，也要建立人才竞争机制，激活现有人才资源，充分调动和发挥人才创新力。

（2）项目评审机制：建立健全有利于工程中心技术开发的评估体系，技术孵化基金项目和拟进入技术研发平台的项目按照“公正、公平、公开”的原则实行择优遴选制度，并由工程中心技术委员会具体负责；获准立项的研发项目实行项目组长负责制，并由技术委员会进行检查和评估。对于产业化推广效果良好的项目给予奖励，对于未按计划完成的项目予以处罚。

（3）设备共享机制：工程中心的重要设备（包括成员单位自有设备）上网管理，实现资源共享，优惠服务，促进工程中心和联合依托单位的共同发展。

（4）开放研发机制：对于国内外优秀的科技人才，通过设立技术孵化基金和提供技术研发平台，吸收他们进入工程中心工作，转化他们所拥有的具有产业化前景的科技成果。同时，通过高水平的技术研发培养拔尖技术人才和知名大师。